La MESHS bénéficie de locaux dans le centre de Lille, à proximité des infrastructures de transport. Un bâtiment principal de 1200 m2 comporte trois salles de séminaire, une salle de formation et 65 postes de travail utilisés par les porteurs de projets de recherche. La MESHS occupe également le premier étage d'un second bâtiment sur une surface de 600 m2 pour 35 postes. La MESHS dispose en outre d'une salle de conférences modulable pouvant accueillir 170 invités, l'Espace Baïetto.
L'équipe administrative de la MESHS est composée en 2016 de 16 membres (10 agents CNRS, 6 agents Lille 3). L'équipe de direction, élue pour 5 ans, compte 7 membres.
La MESHS fédère des projets et des programmes de recherche de 34 laboratoires (UMR et EA) pour un potentiel de quelque 1300 chercheurs et enseignants-chercheurs.
